航海科技研究所之教學與研發方向係以航海技術為主軸，結合學校現有航運技術、輪機、造船、電子通訊及微電子系(所)之教、研資源，輔以新聘具航海科技專業（航海氣象、衛星技術及動態定位之師資，重點發展航海技術與模擬分析、海事安全兩項專業領域。其主要宗旨為 (1) 培養開發海洋資源、維護海權及發展航運事業所需之高級人力資源； (2) 延伸海事教育航海技術學制以暢通學生升學管道並培育海事職校航海科專業師資，避免海事職業教育逐漸萎縮； (3) 拓展航運事業終身學習管道，使得航運事業、政府主管航政機構(如海巡署、海洋巡防總局、交通部航政機關等)、航海職校教師及海軍相關單位之從業人員，能有在職進修研究所之管道。針對上述設立目標及本校發展特色，航海科技研究所設航海技術與模擬分析、海事安全兩組。各組主要發展之重點特色為：

(1)航海技術與模擬分析組：(A) 船舶動態監控、船舶自動識別與自動避碰系統研發；(B)船舶操縱與模擬機軟體工程、波浪運動數值運算；(C) 航海技術(導航、定位與通信) 及航海氣象研究。

(2)海事安全組：(A)海事保安與海上安全 (B)海運政策及海商法 (C)海上通訊與交通管理。